小燕子（ 黄奕饰）虽然已与永琪（ 古巨基饰）完婚，依旧是笑话常闹，祸事不断的“开心果”，在随皇阿玛(狄龙饰)“南巡”途中，山东正闹饥荒，小燕子一激动，将随身携带的食物全部给了灾民，乾隆也只好忍饥挨饿，山东地方官为了讨好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、尔康、紫薇联想到灾民惨状，忍不住大闹酒席，乾隆也被他们的正义行为所感动。“南巡”路上，紫薇（ 马伊琍饰）和尔康（ 周杰饰）恩恩爱爱，永琪和小燕子快快乐乐，只有晴儿（ 王艳饰）和箫剑（ 黄晓明饰）陷入相爱却不能相聚的痛苦之中，小燕子对哥哥的痛苦看在眼里，挂在心中，到了杭州，她与永琪、紫薇、尔康商量好，偷偷安排了一条船，掩护晴儿与箫剑相会，卫兵误以为刺客，欲登船擒拿，小燕子等人仓卒出手，打斗惊动了皇上和皇太后，也暴露了晴儿与箫剑的恋情而受到太后的斥责。此时乾隆无心关注儿女之事，他的心已被江南歌姬夏盈盈（ 蒋勤勤饰）所迷，并宣称要封夏盈盈作妃子，此事惊动了太后和皇后，皇后（ 姜黎黎饰）为保全皇帝的声誉，呈血书恳切力谏，乾隆大怒，将皇后遣回京城。皇后几年来洗心革面修复的夫妻之情倾刻化为乌有，最终只能面对“削发为尼”的结局。其实在南巡路上，大家还认识了海宁陈邦直的小女儿知画（ 秦岚饰），太后（ 赵敏芬饰）看她温柔娴雅，又多才多艺，决定把她带回京城，而知画和她的父母竟然毫不犹豫地答应了。晴儿看到知画来到太后身边，决定和箫剑远走高飞，尔康又假传圣旨，用金牌令箭放走了他们，乾隆大发雷霆，无奈，箫剑和晴儿这对苦命鸳鸯又赶了回来。回到京城，太后查清了小燕子兄妹的身世，为防不测，将箫剑囚禁起来，在营救过程中，小燕子知道了杀父仇人竟然是最亲近的皇阿玛，从此，她对永琪的爱渐渐冷却，对乾隆的恨渐渐加深。为了保守秘密，太后提条件让永琪娶知画，婚礼当天就会放了箫剑，小燕子为了救哥哥，只好忍痛割爱，无奈之下，永琪和知画完成了婚礼。他们成亲以后，小燕子与知画的冲突不断，知画为了得到永琪，也与小燕子展开一场战争。边疆的战火燃起，死里逃生的永琪与尔康率大军挥师南下，反击缅甸军队的进犯，清军虽然大胜而归，也带回了战死沙场的尔康的尸体，紫薇悲痛欲绝，为了与在天国的爱人相会，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飞出成千上万的蝴蝶，组成彩色的云团托起紫薇，迷幻中有人告诉她：尔康没有死。而就在大家沉浸在悲痛之时，知画产下一子，取名绵亿，这使小燕子的醋意更加浓密。